Deltakron: de variant die nooit bestaan heeft

Op 7 januari meldde viroloog Leonidos Kostrikis op de lokale televisie dat zijn onderzoeksgroep aan de universiteit van Cyprus verschillende SARS-CoV-2-genomen had geïdentificeerd die elementen bevatten van zowel de delta- als omikronvariant.

Kostrikis en zijn team hadden 25 sequenties van deze ‘deltakronvariant’ opgeladen op het populaire online databaseplatform GISAID. Een aantal dagen later voegden ze er nog eens 27 aan toe. Op 8 januari pikte het financiële nieuwsblad Bloomsberg het verhaal op en niet veel later was deltakron wereldnieuws.

Maar de wetenschap had al snel een verklaring voor dit fenomeen. Vele specialisten gaven zowel op sociale media als in de pers aan dat de 52 sequenties niet van een nieuwe variant kwamen en dus niet het resultaat waren van recombinatie tussen de twee virusvarianten. Waarschijnlijk waren ze een gevolg van een contaminatie die in het laboratorium was ontstaan.

‘Er bestaat helemaal niet zoiets als deltakron’, tweette Krutika Kuppalli, een lid van het technisch team voor COVID-19 van de Wereldgezondheidsorganisatie, op 9 januari. ‘Omikron en delta hebben GEEN supervariant gevormd.’

Verspreiden van desinformatie

Hoe een kleine hoeveelheid SARS-CoV-2-sequenties het middelpunt van een korte en intense wetenschappelijke controverse werd, is een complex verhaal.  Sommige onderzoekers prijzen de snelle opsporing van een mogelijke sequeneringsfout. Anderen manen echter aan tot voorzichtigheid om het verspreiden van misinformatie tijdens de pandemie te voorkomen.

Kostrikis zegt dat de aspecten van zijn originele hypothese verkeerd geïnterpreteerd werden. De verwarrende naam deed de media vermoeden dat het om een recombinatie ging van de delta- en omikronvariant, maar hij had nooit gezegd dat het om een hybridevorm ging tussen de twee virussen.

Desondanks verwijderde Kostrikis 72 uur na het opladen de gegevens uit het toegankelijke deel van de database in afwachting van verder onderzoek.

Cheryl Bennett, medewerker van het kantoor in Washington van de GISAID-stichting, zegt dat sequeneringsfouten wel kunnen voorkomen, aangezien er sinds januari 2020 meer dan 7 miljoen SARS-CoV-2-genomen in de GISAID-database werden opgeladen.

‘Haastig conclusies trekken op basis van data die net beschikbaar zijn gemaakt door laboratoria die onder grote druk staan om snel data te genereren, is in geen enkele uitbraak ideaal’, beaamt Bennett.

Fout in de sequentie?

De 'deltakron’-sequenties werden ontdekt door Kostrikis en zijn team tijdens het opsporen van SARS-CoV-2-varianten op Cyprus. Daarbij merkten de onderzoekers genetische kenmerken op die vergelijkbaar waren met die van de omikronvariant in het gen van het stekeleiwit, waarmee het virus cellen binnendringt.

Kostrikis’ aanvankelijke hypothese was dat enkele delta-virusdeeltjes zelfstandig mutaties hadden ontwikkeld op het stekeleiwit die de omikronvariant ook bezit. Nadat ‘deltakron’ wereldwijd het nieuws had gehaald, wezen experts op een andere mogelijkheid: een laboratoriumfout.

Sequenering gebeurt met van primers. Dat zijn kleine stukjes DNA die dienen als startpunt voor de sequenering door te binden aan de doelsequentie.

De deltavariant heeft een mutatie in het gen dat codeert voor het stekeleiwit die sommige primers kunnen verhindert om te binden, wat het moeilijker maakt om dat deel van het genoom te sequeneren. Omikron heeft deze mutatie niet. Dus wanneer omikrondeeltjes in een monster met deltadeeltjes terechtkomen, kan dat het stekeleiwitgen doen lijken op dat van de omikronvariant, zegt Jeremy Kamil, viroloog aan de Louisiana State University Health Shrevepor.

‘Dit soort contaminaties komt erg veel voor’, zegt Kamil.

Kostrikis betwist dit. Als deltakron het resultaat van contaminatie zou zijn, dan zouden er ook omikronsequenties opgedoken moeten zijn met delta-achtigemutaties, aangezien omikron een eigen primer-verhinderende mutatie heeft. Hij gelooft dat ‘het idee van de labcontaminatie naar voren geschoven werd via sociale media zonder de complete dataset te bekijken en zonder enig argument dat bewijst dat de vondst van deltakron niet echt was.’

Wetenschappers lopen op eieren

Zelfs als de ontdekte sequenties niet het gevolg van een contaminatie zijn, zeggen andere onderzoekers, zijn de mutaties niet uniek voor omikron: ze komen ook bij andere varianten voor. Deltakron is dus geen correcte benaming.

‘GISAID staat vol met sequenties die elementen bevatten van sequenties we in andere varianten zien’, zegt Thomas Peacock, viroloog aan het Imperial College London. ‘Zulke sequenties worden voortdurend opgeladen’, zegt hij. ‘Maar meestal hoeven wetenschappers deze gegevens niet te verklaren omdat de internationale pers er niet op zit.’

‘Wetenschappers moeten voorzichtig zijn met wat ze zeggen’, vertelt een viroloog die anoniem wilde blijven om niet in controverses verzeild te geraken. ‘Als wij iets zeggen, kan dat leiden tot het sluiten van de grenzen.’

Kostrikis zegt dat hij momenteel alle cruciale inzichten van prominente wetenschappers over de hele wereld onderzoekt die te maken hebben met ‘deltakron’. Hij is van plan om het onderzoek aan te bieden voor peerreview.

Intussen vrezen Kamil en andere onderzoekers dat zulke incidenten onderzoekers meer weifelachtig zullen maken om nog heel recente data te publiceren. ‘De wetenschap moet de tijd krijgen om zichzelf te corrigeren. Maar in een pandemie moeten we nu eenmaal snel virale genoomdata kunnen publiceren om varianten op te sporen.’

Dit artikel verscheen eerder in Nature News en werd vertaald door Isabelle De Schepper.